Komiks sa odohráva päť rokov po udalostiach pôvodnej mangy. Major je momentálne známa ako Motoko Aramaki a robí bezpečnostného dôstojníka v obrovskom medzinárodnom konglomeráte. Dokáže digitálne prevádzať svoje schopnosti a vedomie do tiel kyborgov, ktoré má rozmiestnené po celom svete – čo sa hodí, keď bojuje s priemyselnými špiónmi, zabijakmi a hackermi. Avšak v hlbinách modernej technológie sa začína rodiť umelá inteligencia - a keď sa práca experta na túto oblasť, doktora Rahampola, dostane do nepovolaných rúk, môže to ohroziť ako celý svet, tak aj samotnú Motoko.