V utajovanom americkom vládnom laboratóriu prebiehajú experimenty s podivuhodným obojživelným monštrom nájdeným v Amazónii. Vie sa o ňom veľmi málo – domorodci ho uctievali ako boha, môže dýchať na vzduchu aj pod vodou, podobá sa človeku a je považovaný za nebezpečného tvora. V laboratóriu ho drží a bezohľadne skúma ambiciózny vládny agent Richard Strickland (Michael Shannon). Zaobchádza s ním skôr ako s biologickým materiálom než so živou bytosťou. Jeho experimenty neberú ohľady na to, či objekt skúmania zostane nažive. V rovnakom laboratóriu pracuje nemá upratovačka Elisa (Sally Hawkins) a keď sa náhodou stretne s uväzneným stvorením, dokáže s ním nadviazať takú komunikáciu, ku ktorej nie sú potrebné žiadne slová. Stačia im gestá a emócie. Elisa ho nevníma ako nebezpečnú netvor, cíti predovšetkým jeho strašnú osamelosť. Je to aj tým, že táto záhadná bytosť má jednu základnú vlastnosť vody. Ako voda prijíma tvar nádoby, tak aj tento vodný tvor prijíma vlastnosti každého, s kým sa stretáva, a odráža tak jeho agresivitu i osamelosť alebo bezpodmienečnú lásku. Vďaka tomu sa medzi ním a vnímavou Elisou vytvorí silné puto. V okamihu, keď hrozia ďalšie brutálne pokusy, Elisa pochopí, že je čas na spoločný útek. A pretože sme v 60. rokoch minulého storočia, nezaobíde sa to bez účasti sovietskych špiónov.