Z trojice moderných dvojmotorových typov, tvoriacich v druhej polovici tridsiatych rokov základ výzbroje bombardovacej zložky Luftwaffe, sa Junkers Ju 86 stal bezpochyby najmenej úspešným. Napriek svojmu modernému vzhľadu totiž Ju 86 predstavoval z konštrukčného hľadiska určitý kompromis, rozkročený medzi tradíciou a novými smermi vývoja leteckej techniky. Hlavnou príčinou jeho relatívneho neúspechu sa však stala stávka materskej firmy Junkers Flugzeugwerke AG na neobvyklý pohon v podobe dvojice dieselových motorov Junkers Jumo 205C. Tieto jednotky žiaľ v radovej vojenskej službe nesplnili očakávania a stali sa príčinou mnohých komplikácií, ktoré vyústili do predčasného zastavenia sériovej produkcie. Materská firma sa situáciu Ju 86 pokúsila zachrániť zmenou pohonnej jednotky na klasickej hviezdicovej vzduchom chladenej deväťvalke BMW 132, ani to však konštrukciu v očiach špičiek Ríšskeho ministerstva letectva nezachránilo.