Pekelné laserové bombardovanie tajným vojenským satelitom SOL pripravilo Tecua (č. 41) o ruku. Kaneda a Kei medzitým ťažko unikli smrti umrznutím v tajnej miestnosti podzemnej základne. Náhodou pritom zachráni tajomného chlapca, ktorý má na dlani číslo 28. Supertajné štátne tajomstvo zvané Akira sa konečne dvíha zo svojho chladného, ľadového hrobu! Aby sa Akiry zmocnili, púšťajú sa Nezuove jednotky a vojenské elity riadené plukovníkom za Kanedou a Kei. A čo horšie, aj hlava novej náboženskej sekty pani Mijako prikáže svojmu služobníkovi Sasakimu, aby sa Akiry zmocnil. Kto ho teda nakoniec získa? A čo bude s Neo-Tokiom, ak dôjde skutočne ku katastrofe predpovedanej pani Mijako?