Neznáme monštrum ohrozuje medzinárodnú lodnú dopravu, a tak sa oceánograf Pierre Aronnax so spoločníkmi pripojí k expedícii, ktorá má škodcov vypátrať a zničiť. Ten sa ale bráni a skupinku zajme. Ocitnú sa na palube futuristickej ponorky Nautilus, ktorej velí tajomný, charizmatický kapitán Nemo. Zúrivo nenávidí civilizáciu a roky žije v morských hlbinách ukrytý vo svojom kovovom kokone, túla sa oceánmi, skúma vraky a útočí na lode.
Nautilus sa teraz vydá na ďalekú objaviteľskú cestu. Pláva nad podmorskými lesmi, koralovými cintorínmi, hlbokými morskými priekopami i nad ruinami Atlantídy. Majestátne morské tvory, tajné podmorské chodby, neuveriteľné poklady hlbín, boj s obrovskou chobotnicou, pohreb na morskom dni – každý deň prináša ešte prekvapivejšie zázraky ako ten predchádzajúci a všetko je prestúpené tiesnivým nebezpečenstvom aj objaviteľskou radosťou.
Nemo však strieda ľútostivú melanchóliu so zúrivými výbuchy hnevu a rukojemníkom už je jasné, že živých ich neprepustí. Kto vlastne je kapitán Nemo? Odkiaľ pramení jeho túžba po pomste? Uniknú mu naši traja priatelia?