Dej Kryptonomikonu sa odvíja súbežne v dvoch časových rovinách: počas druhej svetovej vojny a na prelome tisícročia. V kapitolách zo staršej doby vystupuje okrem iného Lawrence Pritchard Waterhouse, matematický génius, ktorý má za úlohu zamaskovať skutočnosť, že Spojenci prelomili preslávenú nemeckú šifru Enigma. Protagonistom súčasnej línie je Lawrenceov vnuk Randy Waterhouse, programátor a spolutvorca „dátového raja“ v sultanáte Kinakuta. Oba príbehy ruka v ruke osvetľujú dva rôzne svety, pričom jeden priamo vyrastá z vyhraných bitiek druhého. Kryptonomikon je epos našej doby, niekedy desí, často rozosmeje a hlavne chrlí informácie zo všetkých odborov od kryptoanalýzy cez hľadanie pokladov po správnu metódu konzumácie chrumiek s mliekom. Na jednej úrovni poskytuje strhujúcu a navýsosť originálny pohľad na svet zmietaný vojnou. Na druhej ide o provokatívnu úvahu, ako veda a technika utvárajú a premieňajú beh dejín. Autorova nesmierna erudícia a rovnako mohutná imaginácia dali vzniknúť jednému zo zásadných literárnych diel moderného veku.