V druhom pokračovaní trilógie Matrix pokračuje Neo (Keanu Reeves) spoločne s Morpheom (Laurence Fishburne) a Trinity (Carrie-Anne Moss) v boji proti počítačovým vládcom univerza. Čaká ich boj s armádou strojov a ich arzenálom počítačovo neľudských schopností a zbraní. Pokiaľ ale chcú zastaviť zotročovanie ľudstva, nie je iná možnosť ako boj na život a na smrť. Nezostáva im nič iné ako preniknúť hlboko do štruktúr Matrixu a počas 72 hodín objaviť a zlikvidovať centrum Zion aj s jeho pomocnými jednotkami. A aby toho nebolo málo, Neo zo svojich temných nočných morí vie, že Trinitiným osudom je smrť. Neo sa však proti osudu už raz dokázal vzbúriť...