Naruto sa vrátil zo svojho výcviku a nachádza dedinu uprostred boja so šéfom Akacuki. Nindžovia zvoľna prehrávajú a Hokage robí, čo je v jej silách, aby straty udržala na minime. Len Nartuto sám tak stojí medzi Painom a zničením svojej milovanej Konohy. Aby ju však mohol zachrániť, musí odhaliť skutočnú totožnosť Paina a prekonať útoky jeho nesmrteľných klonov.