Cesta samuraja bez pána vedúca k osvieteniu je plná nebezpečenstva, niektorých úplne zjavných, niektorých sotva zachytiteľných kútikom oka. Počas svojich ciest po Japonsku šestnásteho storočia sa Miyamoto Usagi zaplieta do série udalostí prepojených temnými, smrtiacimi tajomstvami: stretáva mladého samuraja, ktorý kráča v stopách svojho hrdinského otca, dostane sa do dediny, ktorú sužuje nadprirodzený zabijak sprevádzaný chytľavou melódiou, japonského folklóru, zúčastní sa spolu s inšpektorom Ishidom vyšetrovania záhadných vrážd v dvoch detektívnych prípadoch a zapletie sa do zlovestného sprisahania majúceho za cieľ ovplyvniť následníctvo na trón miestneho lorda. Šedé tiene sú zmesou spomienok, záhad a zrady.